Lidé se často domnívají, že jediný rozdíl mezi interním a externím auditem je v tom, kdo jej provádí. Mají potom logicky dojem, že interní audit musí nutně provádět interní pracovník. Rozdíle je přitom zcela jinde - v samotném smyslu auditu.
Interní audut má základní odlišnost od externího auditu v tom, že jeho cílem je pomáhat organizaci plnit její cíle co nejefektivněji a vyvarovat se přitom rizik i ztrát. Interní audit pracuje s aktuálními procesy, činnostmi a postupy, které vyhodnocuje a zlepšuje.
Externí audit naproti tomu ověřuje plnění externích příp. i interních standardů s cílem nezávisle ověřit, že organizace dodržuje pravidla, ke kterým se hlásí nebo která ji nařizuje legislativa. Externí audit pracuje s historickými záznamy příp. se znalostmi pracovníků.
Jak je patrné z popisu, interní a externí audit se liší svým účelem, vstupy i výstupy nikoli tím, kdo jej realizuje. I interní udit může být realizován externím subjektem a naproti tomu externí audit v principu může realizovat interní pracovník, je ovšem těžké externí subjekty přesvědčit o jeho objektivitě.
Je pochopitelné, že záběr každého z auditů je jiný. Interní audit je pochopitelně více komplexní a není tolik svázán standardy a normami. Externí audit je bez výjimky vždy omezen na posouzení konkrétního účelu a proto se standardně hovoří o auditu konkrétní oblasti ? finanční audit, personální, audit plnění konkrétního standardu (ISO 9001:2009, CMMI, požární předpisy,) apod.
V praxi je také téměř vždy interní audit realizován pro externí subjekty, zatímco interní audit slouží vnitřním potřebám managementu. Často je ale interní audit, někdy blízký hloubkové kontrole (due diligence), vyžádán vlastníky, akcionáři nebo jiným subjektem, který má velký zájem na zdraví firmy.